ニラデータ: 気象データとの関係

library(ggplot2)

 (function (kind = NULL, normal.kind = NULL, sample.kind = NULL)  で警告がありました: 
  non-uniform 'Rounding' sampler used

library(dplyr)

 次のパッケージを付け加えます: ‘dplyr’ 

 以下のオブジェクトは ‘package:stats’ からマスクされています: 

     filter, lag 

 以下のオブジェクトは ‘package:base’ からマスクされています: 

     intersect, setdiff, setequal, union 

library(tidyr)
library(psych)

 次のパッケージを付け加えます: ‘psych’ 

 以下のオブジェクトは ‘package:ggplot2’ からマスクされています: 

     %+%, alpha 

library(GGally)

Registered S3 method overwritten by 'GGally':
  method from   
  +.gg   ggplot2

#データの読み込み

data <- read.csv("garlicchives_leaf_ctrl_spr-1-1_with_envdata.csv")
data$date <- as.Date(data$date, origin="1970-01-01") #date を 日付に変更
head(data)

データから環境データと合計葉身長データを抽出

data_length_sum_plus_env <- data[,2:6]
head(data_length_sum_plus_env)

散布図行列

参考: https://qiita.com/h_kobayashi1125/items/46bc28a26f888d03cee3

散布図行列（１）

pairs(data_length_sum_plus_env, panel = panel.smooth)

散布図行列（２）

psych::pairs.panels(data_length_sum_plus_env)

散布図行列（３）

ggpairs(data_length_sum_plus_env)

 plot: [1,1] [===>--------------------------------------------------------------------------------------------------------]  4% est: 0s 
 plot: [1,2] [========>---------------------------------------------------------------------------------------------------]  8% est: 1s 
 plot: [1,3] [============>-----------------------------------------------------------------------------------------------] 12% est: 1s 
 plot: [1,4] [================>-------------------------------------------------------------------------------------------] 16% est: 1s 
 plot: [1,5] [=====================>--------------------------------------------------------------------------------------] 20% est: 1s 
 plot: [2,1] [=========================>----------------------------------------------------------------------------------] 24% est: 1s 
 plot: [2,2] [=============================>------------------------------------------------------------------------------] 28% est: 1s 
 plot: [2,3] [==================================>-------------------------------------------------------------------------] 32% est: 1s 
 plot: [2,4] [======================================>---------------------------------------------------------------------] 36% est: 1s 
 plot: [2,5] [==========================================>-----------------------------------------------------------------] 40% est: 1s 
 plot: [3,1] [===============================================>------------------------------------------------------------] 44% est: 1s 
 plot: [3,2] [===================================================>--------------------------------------------------------] 48% est: 1s 
 plot: [3,3] [=======================================================>----------------------------------------------------] 52% est: 0s 
 plot: [3,4] [===========================================================>------------------------------------------------] 56% est: 0s 
 plot: [3,5] [================================================================>-------------------------------------------] 60% est: 0s 
 plot: [4,1] [====================================================================>---------------------------------------] 64% est: 0s 
 plot: [4,2] [========================================================================>-----------------------------------] 68% est: 0s 
 plot: [4,3] [=============================================================================>------------------------------] 72% est: 0s 
 plot: [4,4] [=================================================================================>--------------------------] 76% est: 0s 
 plot: [4,5] [=====================================================================================>----------------------] 80% est: 0s 
 plot: [5,1] [==========================================================================================>-----------------] 84% est: 0s 
 plot: [5,2] [==============================================================================================>-------------] 88% est: 0s 
 plot: [5,3] [==================================================================================================>---------] 92% est: 0s 
 plot: [5,4] [=======================================================================================================>----] 96% est: 0s 
 plot: [5,5] [============================================================================================================]100% est: 0s 
                                                                                                                                        

#重回帰分析